根據《關于印發廣西壯族自治區水庫移民工作管理局主要職責內設機構和人員編制方案的通知》(桂編[2005]65號和《關于自治區水庫移民工作管理局機構編制有關問題的批復》（桂編[2007]218號）精神，自治區水庫移民工作管理局的主要職能是：　

(一)、貫徹落實國家和自治區水利水電工程移民工作的方針、政策和法律。根據自治區人民政府委托，起草全區水利水電工程移民工作配套性地方法規、規章和規范性文件草案。對全區水利水電工程移民工作履行指導、協調、監督、檢查等職責。

(二)、負責全區水利水電工程移民開發中長期規劃和計劃工作。

(三)、負責全區水利水電工程移民搬遷安置和專項遷改建工程的管理工作。

(四)、負責全區水利水電工程移民遺留問題處理和生產開發工作。

(五)、負責全區水利水電工程移民資金管理工作。

(六)、負責全區水利水電工程移民統計工作。

(七)、負責全區水利水電工程移民干部培訓工作。

(八)、承辦自治區人民政府和自治區人民政府辦公廳及上級業務部門交辦的其他工作。